Anders war dies bei den Maschinen der Lufthansa, den hier wurden lange Strecken mit konstanter Geschwindigkeit geflogen, so dass die sparsamen Dieselmotoren eine gute Motorisierung darstellten. Die Entwicklung der Dieselmotoren in der Luftfahrt geht insbesondere auf das Engagement des Lufthanseaten Dr. Stüssel zurück, der den Jumo 205 zusammen mit Junkers eben für den zivilen Einsatz der Junkers Ju 86 entwickelt hat. Insgesamt nahm die Lufthansa zwölf Passagiermaschinen Junkers Ju 86 B-1/C-1 mit Dieselmotoren ab, die sich ganz ausgezeichnet bewährt haben. Die zivile Ausführung der Ju 86 hatte Sitzplätze für 10 Passagiere und eine dreiköpfige Bestazung und der zweite Prototyp der Passagiermaschine, die V-4, war bereits ab September 1935 bei der Lufthansa zu Testzwecken im Einsatz. Die Lufthansa erhielt 1936 sechs Ju 86 B-1 und im nächsten Jahr weitere sechs Ju 86 C-1 mit vergrößerter Reichweite und dem modifizierten Jumo 205 C-3. Sie war aber nicht die einzige Fluggesellschaft, die die Ju 86 nutzte und nach zwei Langstreckenrekordflügen von Lufthansa-Maschinen interessierten sich auch ausländische Fluggesellschaften für das Muster. Sowohl die Swiss Air Lines als auch die South African Airways hatten einige dieser Maschinen in ihrem Bestand wobei von den insgesamt 18 nach Südafrika exportierten Ju 86 eine Maschine auch ein Bomber war. Die ab 1936 an South African Airways gelieferten Flugzeuge waren entweder mit britischen Kestreltriebwerken oder mit Pratt & Whitney Motoren vom Typ Hornet ausgerüstet und wurden später alle mit dem Hornet versehen, sowie von der südafrikanischen Luftwaffe (SAAF) bei Ausbruch des zweiten Weltkriegs zu Bombern oder Aufklärern umgerüstet und bei mehreren militärischen Unternehmungen in Afrika eingesetzt. Weitere Kunden waren LAN in Chile oder die Manchurian Aviation Company, wobei sich die einzelnen Exportversionen wie folgt verteilten:

Junkers Ju 86 Z-1	Passagiermaschine mit 2 x Jumo C-4	2 x Schweiz (Swiss Air Lines, 1936), 4 x Chile (LAN, 1937/38)
Junkers Ju 86 Z-2	Passagiermaschine mit 2 x BMW 132 H-1	2 x Schweiz (Swiss Air Lines, umgebaute Z-1), 17 x Mandschurei (MAC, 7 x 1938, 10 x 1939, insgesamt 20 Maschinen bestellt, aber bis Kriegsausbruch nur 17 ausgeliefert)
Junkers Ju 86 Z-3	Passagiermaschine mit 2 x RR Kestrel	insgesamt 17 Maschinen der Serien Z-3/5/7 gingen an Südafrika (South African Airways, 1936 bis 1939)
Junkers Ju 86 Z-5	Passagiermaschine mit 2 x P&W Hornet
Junkers Ju 86 Z-7	Passagiermaschine mit 2 x P&W Hornet	3 x Bolivien (1937) 1 x Schweden (als Postflugzeug)

Die Ju 86 A-1 der Luftwaffe hatten neben dem nicht sehr geeigneten Dieselmotor vor allem Probleme mit der horizontalen Stabilität während des Fluges, so dass man den Rumpf dahingehend modifizierte, dass er etwas über des Leitwerk hinausragte, was zur Version D-1 führte. Die Ju 86 D-1 basierte auf der kleinen Nullserie D-0, die wiederum ihren Ursprung in der V-6 hatte, und aufgrund eines vergrößerten Tanks eine erhöhte Reichweite und eine Kampfmittelzuladung von 1.000 kg ermöglichte. Die D-0 wurde dann noch mit dem die Stabilität verbessernden Rumpfsteiß versehen und ging so als D-1 in die Serienproduktion. Fünf dieser Bomber wurden als Teil der Legion Condor nach Spanien geschickt und konnten sogar einige Erfolge erzielen.
Die aber weiterhin bestehenden Probleme mit dem Dieseltriebwerk führten dazu, dass man bereits im September 1936 zu untersuchen begann, ob sich die Ju 86 mit dem Benzinmotor BMW 132 F ausrüsten ließ. Die neue Version Junkers Ju 86 E-1 basierte auf dem Prototypen V-9 und glich weitgehend der D-1, besaß allerdings zwei BMW 132 F Sternmotoren, die 2 x 650 PS leisteten. Auch vorhandene Ju 86 A-1 und D-1 wurden später zu E-1 nachgerüstet und mit dem Benzinmotor versehen. Die Zuverlässigkeit stieg mit dem neuen Triebwerk zwar an, doch auch der Kraftstoffverbrauch nahm enorm zu. Der E-1 folgte dann die Ju 86 E-2, mit zwei BMW 132 N und einer Höchstgeschwindigkeit von 376 km/h. Weitere Modelle der E-Serie waren:

Junkers Ju 86 E-3/4	Bomber mit 2 x BMW 132 N-1 Sternmotoren zu je 640 kW
Junkers Ju 86 E-5	Schulungsmaschine ("Übungsbomber") mit Zusatztanks, sonst wie die E-2
Junkers Ju 86 E-6	wie die E-1 allerdings mit zwei zusätzlichen Sitzen
Junkers Ju 86 E-7	Schulungsmaschine ("Übungsbomber") mit Zusatztanks, sonst wie die E-2

Doch auch in der E-Serie konnte die Ju 86 nicht überzeugen und erbrachte nur mittelmäßige Leistungen. Als modifizierte E-2 mit Vollsichtkanzel wurde dann die Ju 86 G-1 in Dienst gestellt. In der Kanzel fanden sich die ersten Entwicklungsansätze zur späteren Junkers Ju 88, die Kanzel war auch notwendig um die Sicht des Piloten am Boden zu verbessern. Die G-1 hatte eine auf 650 km gesteigerte Reichweite, konnte aber nur 400 kg Bomben aufnehmen. Als Normalbomber bewährte sich die Junkers Ju 86 A bis G nicht eben besonders und musste bereits zum Jahreswechsel 1938/39 endgültig an Flugschulen übergeben werden. Obwohl sie fliegerisch nicht zu beanstanden war, konnten doch weder die Reichweite noch die Bombenlast befriedigen. Der Versuch, eine Verkehrsmaschine zum vollwertigen Bomber zu machen, war gescheitert und während die Heinkel He 111 im Sommer 1939 ihre große Karriere noch vor sich hatte, war die der Junkers Ju 86 bei den Einsatzverbänden der Luftwaffe bereits zu Ende. Im April 1939 endete die Produktion bei Junkers wobei noch einige weitere Typen entwickelt und zum Teil auch in Kleinserie aus bisherigen Ju 86 G-1 Modellen umgebaut wurden:

Junkers Ju 86 H	Studie für einen Höhenbomber, ausgerüstet mit 2 x BMW 132 F/N
Junkers Ju 86 M-1	1940 modifizierte ältere Versionen der Ju 86
Junkers Ju 86 P-1	Höhenbomber mit 2 x Jumo 207 A-1 zu je 950 PS (708 kW), vergrößerte Spannweite von 25,6 m, Dienstgipfelhöher > 10.000 m, Druckkabine für die Besatzung, 40 Stück für die Luftwaffe gebaut.
Junkers Ju 86 P-2	Höhenaufklärer
Junkers Ju 86 P-3	Langstreckenhöhenaufklärer
Junkers Ju 86 P-4	projektierter Höhenbomber
Junkers Ju 86 P-5	Höhenbomber, vermutlich zwei Exemplare fertiggestellt
Junkers Ju 86 R-1	Höhenaufklärer mit 2 x Jumo 207 B-3 zu je 1.000 PS (746 kW), Spannweite von 32 m, Dienstgipfelhöhe von 14.400 m, Druckkabine, kleine Stückzahl
Junkers Ju 86 R-2	Höhenbomber
Junkers Ju 86 R-3	projektierter Höhenbomber mit 2 x Jumo 208 zu je 1.100 kW, das Programm wurde vom RLM 1942 gestoppt.

Ausser der Luftwaffe nutzten aber auch noch einige verbündete Länder die Ju 86 bei ihren Luftstreitkräften. Nachdem die Junkers Werke in Dessau verschiedene Varianten vorgeführt, bzw. technisch durchgerechnet hatten, wurden die folgenden Varianten über das RLM beziehungsweise über das Aussenhandelsreferat angeboten:

Ü	Verkehrsflugzeug
Ü	Bomber
Ü	Aufklärer
Ü	Militärischer Transporter
Ü	Schulflugzeug
Ü	Torpedobomber

Im Rahmen dieser Modell-Palette konnte man überzeugend demonstrieren, das sich generell aus dem Basistyp jede der gewünschten Varianten herrichten ließ; dies sogar in eingeschränktem Maße durch Frontwerften. Bei den Exportversionen wurden nicht unerheblich ausländische Motoren angeboten. Generell konnte jeder Interessent seine Junkers Ju 86 so konfektionieren, wie er sie haben wollte. Deutscherseits hatte das den Vorteil, dass eigene Leistungstriebwerke weiterhin zur Verfügung standen; mithin eine RLM-Vorgabe für das Exportgeschäft. Insgesamt gab es die folgenden Abnehmer der Ju 86 als Bomber: Schweden, Südafrika (1 Bomber mit 2 x BMW 132 Da zu je 590 kW), Ungarn (66 Bomber mit 2 x Mistral Major mit je 630 kW, die Motoren wurden in Ungarn unter Lizenz gefertigt.), Portugal, Chile und Bolivien, wobei die letzten drei Kunden P&W Hornet Motoren verwendeten.

Ab 1936 lieferte Junkers an die schwedische Luftwaffe (Flygvapen) 40 Junkers Ju 86 K. Um die Kapazitäten in Dessau und in den anderen Produktionsstandorten zu entlasten, aber auch, um Schweden den Einstieg in die Lizenzfertigung zu erleichtern, erfolgte der Zusammenbau der meisten Muster in Schweden. Nachdem die 40 Maschinen abgenommen waren, fertigte SAAB eine Lizenzserie mit insgesamt 16 Maschinen, die in Schweden als „Saab B 3“ bezeichnet wurden. Als Motorisierung wählte man den von The Bristol Aeroplane Company, Glasgow, angebotenen Neunzylindersternmotor Bristol Pegasus (800 bis 1.000 PS, je nach Produktionszeitraum). Der Pegasus war Anfang der dreissiger Jahre aus dem luftgekühlten Bristol Jupiter (max. 450 PS) heraus entwickelt worden. Er konnte 1932 und 1936 mit Höhenweltrekorden aufwarten, die ihn bei SAAB zum favorisierten Triebwerk machten. Die meisten viermotorigen Flugboote der RAF sind übrigens mit Pegasus motorisiert worden.
Erst 1948 wurden die Junkers Ju 86 in Schweden aus dem offensiven Bestand entfernt. Durch den Einbau von Sitzbänken konnten 12 Personen befördert werden - eine Nutzlast, die sowohl bei Luftlandeeinheiten als auch im normalen Commuterdienst völlig ausreichte.
Nachdem zwei Maschinen 1955 in Hamburg-Fuhlsbüttel während der Dreharbeiten zu „Der Teufels General“ glänzen durften, entschied man im Sommer 1956  in Schweden, dass die nunmehr 20 Jahre alten Maschinen endgültig gegen moderne Muster ersetzt werden sollten und musterte sie aus. Die meisten Maschinen wurden danach abgebrochen; ein Wrack befindet sich allerdings noch in Norrköping.
Die einzige weltweit verbliebene Junkers Ju 86, eine K-4 (schwedische Bezeichnung B 3 A), ist im Svenska Flygvapenmuseum in Malmen bei Linköping ausgestellt. Es handelt sich hier um die Werknummer 0421, Baujahr 1938, schwedische Zulassung Fv 155. Bei dieser Maschine ist der verglaste Rumpfbug mit der typischen Ikaria Linsenlafette , wahrscheinlich dem Baumuster ZIO e (klein) als Drehkranz mit exzentrisch angeordneter Lagerkugel und linsenförmiger Plexiglasscheibe, erhalten geblieben. Damit kann die Fv 155 als ein besonders anschaulicher Vertreter des Angriffsflugwesens zwischen den beiden Weltkriegen bezeichnet werden.